Origines du Covid : en France, naturelle, artificielle ?

Près de deux ans après le début de l'épidémie de Covid-19, l'origine de la contamination du virus à l'homme, identifié pour la première à Wuhan en Chine, n'est toujours pas confirmée. Pour les experts de l'OMS qui se sont rendus dans la ville chinoise en janvier 2021 pendant 4 semaines afin d'enquêter,  l'hypothèse "la plus probable" serait la transmission du virus par un premier animal (comme la chauve-souris) puis un second animal et enfin l'homme. Mais "des recherches plus spécifiques et ciblées" sont nécessaires et l'animal n'a pas encore été identifié, ont-ils expliqué dans un rapport. Problème, la Chine ne laisse pas "porte ouverte" aux scientifiques pour poursuivre leur enquête et le temps passe entraînant l'effacement d'éléments de réponses. Dans une tribune publiée en août 2021 dans la revue Nature, les experts de l'OMS préviennent que " la fenêtre se referme rapidement sur la faisabilité biologique de la traçabilité des personnes et des animaux". "Les fermes de mammifères vivants qui faisaient vivre près de 14 millions de personnes et alimentaient des villes de toute la Chine, y compris Wuhan" ont fermé pour la majorité depuis le début de la pandémie ou les animaux ont été abattus "ce qui rend toute preuve de propagation précoce du coronavirus de plus en plus difficile à trouver". Or la présence d'animaux à fourrure vivants (comme les visons par exemple) dans les marchés de Wuhan pendant l'automne 2019 a été confirmée.

Les origines du SARS-Cov-2 en Chine

La pandémie de Covid-19, apparue en Chine à Wuhan fin 2019, a été provoquée par le coronavirus nommé SARS-Cov-2. "On sait que ce virus est apparu en Chine mais la date d'apparition est moins précise. Les premiers patients, quand on a remonté les chaînes de transmission, ont été infectés en novembre. Mais en regardant le génome du virus, son ARN, à partir des données disponibles, on estime son apparition chez l'homme en Chine, entre août et novembre 2019", explique Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS, spécialiste des maladies infectieuses. Selon un rapport confidentiel rédigé par le centre de contrôle et de prévention de la province chinoise du Hubei - dont Wuhan est la capitale- et transmis à la chaîne CNN, les autorités régionales chinoises ont caché le fait qu'en décembre 2019 plusieurs villes de la province, dont Wuhan, enregistraient un nombre de grippes jusqu'à vingt fois supérieur à celui de l'année précédente. Elles ont aussi menti sur le nombre de cas positifs au virus en indiquant 2478 cas le 10 février alors qu'il y en avait en réalité 5918 selon le rapport. Le 14 janvier 2021, des experts chinois et de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) ont pu se rendre à Wuhan pour enquêter afin de déterminer les origines de l'apparition de ce nouveau coronavirus. Ils ont été placés en isolement pendant 2 semaines, par précaution sanitaire, avant de débuter leurs travaux sur le marché de Wuhan où les premiers cas connus d'infection ont été signalés et à l'institut de virologie où le virus aurait pu" fuiter" selon certaines théories. Finalement, aucune piste n'a été confirmée. Lors d'une conférence de presse du 9 février 2021, le chef de la mission Peter Ben Embarek, spécialiste de la sécurité alimentaire et des zoonoses, a réagi aux différentes hypothèses : 

• l'arrivée du virus à Wuhan via des produits alimentaires congelés (hypothèse avancée par la Chine) : "Nous savons que le virus peut survivre dans des conditions que l'on peut trouver dans ces environnements froids, gelés mais nous ne comprenons pas vraiment si le virus peut se transmettre à l'être humain" a déclaré le chef de la mission de l'OMS dont les propos ont été rapportés par Reuters. Il faudrait selon lui effectuer l'expérience pour voir si un animal congelé sur un marché, dans les bonnes conditions, peut déclencher une rapide propagation du virus
• la transmission du virus par un premier animal (comme la chauve-souris) puis un second animal : l'hypothèse "la plus probable" selon Peter Ben Embarek mais elle demande "des recherches plus spécifiques et ciblées" et l'animal n'a pas encore identifié.
• la fuite du coronavirus d'un laboratoire (comme Wuhan abrite un important institut de virologie) : "hautement improbable" selon le chef de la mission.

Origine du coronavirus en France : d'où vient-il ?

En France, les trois premiers cas ont été officiellement recensés le 24 janvier 2020. Il s'agit d'un français d'origine chinoise ainsi que de deux touristes chinois. L'un d'eux, âgés de 80 ans, est décédé le 14 février. La première victime française est décédée le 26 février, il s'agissait d'un professeur de 60 ans, résidant dans l'Oise. Toutefois plusieurs cas suspects détectés à postériori laissent penser que le virus était présent en France avant février. Ainsi, le professeur Yves Cohen, chef du service de réanimation de l'hôpital Avicenne de Bobigny (Seine-Saint-Denis), indiquait le 3 mai sur BFM-TV avoir détecté un cas le 27 décembre. "On a repris les tests PCR réalisés sur les patients qui avaient des pneumonies en décembre et en janvier. Sur 24 patients, nous en avons eu un qui était positif au Covid-19 le 27 décembre."  Un autre cas daterait du 2 décembre, a avancé le chef du département d'imagerie médicale de l'hôpital Albert-Schweitzer de Colmar (Haut-Rhin) Michel Schmitt, dont les propos avaient été rapportés par Franceinfo. Grippe ? Bronchite ? Pneumonie ? En tout plus d'une dizaine de cas seraient suspects. Difficile aujourd'hui de connaître la véritable identité du patient zéro en France. 

Le SARS-CoV-1 ou le MERS-Cov à l'origine du Covid ? 

Le SARS-CoV-1, qui a sévi de 2002 à 2004, est un coronavirus responsable de l'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). Egalement proche d'un coronavirus de chauve-souris, le MERS-CoV, découvert en Arabie saoudite en 2012, est lui aussi très pathogène. L'un de ces virus peut-il avoir muté pour devenir le SARS-Cov-2 ? "En analysant les séquences des autres coronavirus humains connus, on ne relève que 79% d'identité génétique entre SARS-CoV-1 et SARS-CoV-2, et seulement 50% en ce qui concerne MERS-CoV. Pour faire bref, le SARS-CoV-2 est génétiquement plus proche de souches virales qui ne se transmettaient jusqu'alors qu'entre chauves-souris. Il ne descend pas de souches humaines connues et n'a acquis que récemment la capacité de sortir de son réservoir animal naturel qui est probablement la chauve-souris, a commenté le virologue Etienne Decroly pour le journal du CNRS, dans un entretien mis en ligne le 27 octobre 2020."Le SARS-CoV-2 a une origine nouvelle, ce qui explique aussi la pandémie actuelle. On a beaucoup raisonné sur ce coronavirus avec les grilles de lecture des autres coronavirus. Beaucoup ont ainsi pensé qu'il serait saisonnier, comme plein d'autres coronavirus. De même, le Sras et le MERS ne se transmettant quasiment pas de manière asymptomatique, on a pensé que ce serait pareil avec le SRAS-CoV-2 mais pas du tout" développe Samuel Alizon. 

"Il est tout à fait possible que le virus soit passé directement des chauves-souris à l'homme"

Le SARS-CoV-2 d'origine animale : pangolin, chauve-souris ? 

Rapidement, au début de l'année 2020, l'origine animale du virus a été mise en avant. On sait que les coronavirus circulent dans les populations de chauves-souris. "Elles sont dotées d'un système immunitaire très spécifique qui leur permet de tolérer de nombreux virus très pathogènes pour d'autres espèces" précise le directeur de recherche du CNRS. Ce qu'on ne sait toujours pas, c'est comment le virus est passé de la chauve-souris à l'homme. Alors qu'on ne connaît pas de coronavirus passé directement de la chauve-souris à l'homme, le pangolin, ce petit mammifère à écailles, a été très rapidement montré du doigt comme étant l'hôte-intermédiaire. Et le fait que cet animal soit vendu sur un marché de Wuhan, ville où s'est déclarée la maladie, désignait ainsi le lieu de contamination initiale. Finalement la piste du pangolin est progressivement mise de côté. "Le taux d'identité entre les séquences de SARS-CoV-2 et celles issues du pangolin n'atteint que 90,3 %, ce qui est bien inférieur aux taux habituellement observés entre les souches infectant l'humain et celles infectant l'hôte intermédiaire", détaille Etienne Decroly auprès du Journal du CNRS. Pour Samuel Alizon, "il est tout à fait possible que le virus soit passé directement des chauves-souris à l'homme. La raison pour laquelle le pangolin a été mis en avant, c'est parce que dans le génome du SARS-CoV-2, il y a une insertion qu'on ne connaissait pas dans les coronavirus de chauves-souris mais qu'on avait retrouvée dans un coronavirus de pangolin. Depuis on a récolté d'autres virus de chauves-souris où on a observé cette insertion. Aujourd'hui, l'hypothèse du pangolin n'est plus la piste principale". 

"Ultime hypothèse : l'accident en laboratoire."

Transmissions du SARS-Cov-2 de la chauve-souris à l'homme : quelles hypothèses ? 

Comment le nouveau coronavirus a été transmis de la chauve-souris à l'homme ? Selon Samuel Alizon, il y a plusieurs hypothèses qui pourraient l'expliquer : 

• "La première hypothèse est classique. Des personnes vivant en bordure de zones sauvages ont été infectées. Une de ces personnes infectées a pu se déplacer dans un centre urbain et déclencher l'épidémie." 
• "Une autre hypothèse, c'est un intermédiaire via un élevage. Des chauves-souris sauvages infectées auraient contaminé des animaux d'élevage, chauves-souris ou autres animaux. Une des particularités de ce coronavirus est qu'il n'est pas très 'difficile' concernant les hôtes qu'il infecte, comme on l'a vu avec les visons. Contrairement aux animaux sauvages, les animaux d'élevage sont très homogènes génétiquement. Une fois que le virus en a infecté un, il pourra tous les infecter rapidement et facilement. L'élevage est souvent mis en avant comme un facteur de risque." 
• "Ultime hypothèse : l'accident en laboratoire." 

Le SARS-Cov-2 échappé accidentellement d'un laboratoire ? 

"Des mineurs auraient été infectés par quelque chose qu'on n'a toujours pas identifié en 2012 dans le Yunnan, en Chine. Ces mineurs ont été hospitalisés et plusieurs sont morts. C'est aussi dans cette mine qu'on a trouvé le coronavirus de chauve-souris RaTG13 qui est celui qui ressemble le plus au SARS-CoV-2. Le passage aurait pu se faire à ce moment-là quand ces mineurs sont allés dans cette grotte et auraient contracté une infection qui reste inconnue" explique Samuel Alizon. Que se serait-il alors passé entre 2012 et 2019 ? "Dans ce cas, ce qui serait le plus vraisemblable, c'est que des échantillons, conservés dans un laboratoire, en seraient sortis accidentellement. Le virus, échantillonné dans la faune sauvage se serait propagé hors du laboratoire à la suite d'un accident de manipulation" envisage notre expert. "La virologue Shi Zhengli et son équipe ont été dépêchées sur place pour enquêter dans cette grotte riche en coronavirus. En 2013, elle en a rapporté le RaTG13, ce virus de chauve-souris aujourd'hui considéré comme le plus proche parent du Sars-CoV-2" souligne Franceinfo en novembre 2020. Le laboratoire s'est défendu de tout accident, mais cette possibilité reste plausible. "Des virus échappés de laboratoires, cela s'est déjà vu", pose notre expert. 

→ L'hypothèse selon laquelle le coronavirus aurait pu s'échapper de l'institut de virologie de Wuhan a été jugée comme "hautement improbable" en février 2021 par Peter Ben Embarek, chef de la délégation de l'OMS qui s'est rendue à Wuhan pour enquêter.

Le nouveau coronavirus d'origine artificielle ?

Plusieurs autres théories circulent, visant cette fois à démontrer les origines artificielles du SARS-CoV-2. Dès le mois de mars, une théorie soutient que le SARS-CoV-2 serait né à l'institut Pasteur à Paris en 2004 et aurait été ensuite relâché en Chine dans la ville de Wuhan. "L'Institut Pasteur n'a pas inventé de virus (pas plus le SARS-CoV-2 que le SARS-CoV-1) mais il a inventé, en 2004, un candidat-vaccin contre le précédent coronavirus appelé SARS-CoV-1. Ce candidat-vaccin contre SARS-CoV-1 a ainsi fait l'objet d'un brevet, déposé en 2004, qui mentionne une souche particulière du SARS-CoV-1, virus lui-même découvert et décrit en mars 2003, soit plusieurs mois avant le dépôt du brevet" s'est défende l'Institut Pasteur dans un article publié sur son site et dans une vidéo publiée sur YouTube. 

Le SARS-Cov-2 fabriqué à partir du virus du Sida ? 

Le 16 avril 2020, Luc Montagnier, prix Nobel de médecine pour ses travaux sur le VIH, reprenait à son compte une étude de l'Indian Institute of Technology de New-Delhi, indiquant dans un entretien au site Pourquoidocteur.fr que le SARS-CoV-2 avait été fabriqué par l'homme. L'étude, publiée sur un site de prépublications et non dans une revue scientifique comme le précise Le Monde, "évoquait déjà 'une similarité étrange', 'qui a peu de chances d'être fortuite', dans les séquences d'acides aminés d'une protéine du SARS-CoV-2, virus responsable du Covid-19, et celui du VIH-1, principal responsable du sida". Alors que les auteurs de l'étude ont retiré ces résultats très rapidement, la thèse avait gagné les milieux complotistes et a bruissé plusieurs jours dans les médias. Pour les scientifiques, l'hypothèse ne tient absolument pas. "Les séquences génétiques sont constituées par une suite de lettres. Si on examine une très courte série de lettres prises au hasard dans une séquence, elles peuvent ressembler à un petit fragment d'une autre séquence sans qu'il y ait un lien direct , explique Etienne Simon-Lorière, responsable de l'unité Génomique évolutive des virus à ARN à l'Institut Pasteur. La séquence commune entre les deux virus serait ainsi due au hasard. "Les fragments identiques sont bien trop courts. Vous pouvez prendre n'importe quel bout de votre génome et vous pourrez en conclure que vous descendez du VIH !", ironise notre expert. Un groupe de scientifiques, dont l'article du Monde cité plus haut se fait écho, a d'ailleurs listé une quinzaine de virus qui présentaient des séquences similaires. Pour Samuel Alizon,"on peut exclure l'hypothèse d'un virus artificiel, créé par l'homme. En effet, la structure de son génome et le fait qu'il y ait des structures très similaires qui circulent dans les populations de chauves-souris est un indicateur solide de son origine naturel." 

Merci à Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS, spécialiste des maladies infectieuses et auteur du livre Evolution, écologie et pandémies. Faire dialoguer Pasteur et Darwin, Samuel Alizon, Ed. Points, novembre 2020. 

Sources : 

"La question de l'origine du SARS-CoV-2 se pose sérieusement", CNRS, octobre 2020

"Non, l'Institut Pasteur n'a pas inventé le Covid-19", Institut Pasteur sur Youtube, mars 2020

"Coronavirus :attention aux fausses informations sur la Covid-19 circulant sur les réseaux sociaux", Institut Pasteur, octobre 2020

"Don't believe the conspiracy theories you hear about coronavirus and HIV" Massive Science, janvier 2020