Microbiote : définition, rôle, intestinal, cutané

Chez l'humain, le microbiote ou "flore microbienne" désigne l'ensemble des micro-organismes qui peuplent l'intestin, la peau et les muqueuses. Une altération de cet équilibre fragile (dysbiose) peut être à l'origine d'infections. Les conseils du Dr Grégoire Cozon, médecin immunologue et maître de conférence en immunologie.

Microbiote : définition, rôle, intestinal, cutané
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Définition : qu'est-ce que le microbiote ?

On appelle microbiote (ou flore microbienne) la totalité des micro-organismes qui sont retrouvés dans un environnement spécifique. Parmi les micro-organismes de la flore microbienne, on retrouve des levures ou champignons, des bactéries, et des virus. On parle de flore microbienne au niveau du vagin, de la peau, de la sphère ORL, de l'appareil broncho-pulmonaire et des intestins. Au niveau des intestins, la flore microbienne contient plus de micro-organismes que dans le reste du corps humain. La contamination par des agents infectieux est limitée par la flore microbienne.

On a 3 à 9 fois plus de bactéries que de cellules humaines.

Microbiote intestinal

"Le microbiote intestinal est présent dans la bouche, l'arrière-gorge, l'œsophage, l'estomac, puis dans tout l'intestin, et la concentration de bactéries va augmenter à partir du duodénum pour arriver à son maximum dans le gros intestin (colon)", explique le Dr Grégoire Cozon. On considère que l'on a environ 100 000 milliards de bactéries dans notre organisme pour près de 10 000 à 30 000 milliards de cellules humaines. Autrement dit, on a 3 à 9 fois plus de bactéries que de cellules humaines. "Toutes ces bactéries sont dotées d'un code génétique, et sont capables de produire environ 1 million de protéines différentes. Qu'elles soient localisées au niveau de l'intestin, de la peau ou des muqueuses, ces bactéries ont un rôle physiologique : elles représentent une barrière contre les agents pathogènes et sont commensales, c'est-à-dire qu'elles nous amènent des nutriments qu'on ne sait pas fabriquer comme certains acides aminés et vitamines", continue-t-il.

Microbiote cutané

Le microbiote cutané, ou flore cutanée, désigne l'ensemble des micro-organismes vivant sur la peau, plus précisément au niveau de l'épiderme. Constitué de plus de 1000 milliards de bactéries, et 1000 espèces de virus, champignons et parasites, il vise à protéger la peau contre les pathogènes et les infections de la peau. Pour prendre soin de son microbiote cutané et éviter d'agresser la peau, il est recommandé d'éviter de se laver trop souvent et de privilégier l'utilisation de produits au pH neutre.

Microbiote vaginal

Le microbiote vaginal, également appelé flore vaginale, est majoritairement constitué de lactobacilles qui forment une véritable barrière protectrice en colonisant la paroi du vagin. De nombreuses autres espèces peuvent être présentes dans le microbiote vaginal : mycoplasma hominis, ureaplasma, candida albicans, gardnerella vaginalis… En excès, elles sont susceptibles d'entraîner un déséquilibre de la flore vaginale (dysbiose) et de provoquer des infections. Une dysbiose vaginale se manifeste généralement par des pertes vaginales anormales, des douleurs vulvaires et des démangeaisons. À l'instar d'un déséquilibre de la flore intestinale, la dysbiose vaginale peut être rééquilibrée par la prise de probiotiques et l'amélioration de l'hygiène de vie.

Pour un microbiote équilibré : 

  • Eviter les sucres, la farine de blé et les aliments transformés.
  • Augmenter l'apport en végétaux crus.
  • Consommer des fruits pas trop mûrs.
  • Consommer des yaourts type kéfir.

De quoi est composé le microbiote ?

Le microbiote désigne un ensemble de micro-organismes, c'est-à-dire de bactéries, levures, champignons et virus, qui sont présents à la surface de nos muqueuses, mais aussi de la peau. "Le microbiote s'acquiert à la naissance, au moment de l'accouchement par voie basse, via le microbiote vaginal de notre mère et il va se développer pendant les deux premières années de vie en fonction de l'alimentation. Le lait maternel favorise un large éventail de bactéries, contrairement au lait maternisé qui est beaucoup moins riche en bactéries différentes. On considère que notre microbiote est fixé à l'âge de 2-3 ans avec entre 500 et 2000 espèces de bactéries différentes", détaille l'immunologue.

L'éventail du microbiote acquis après la naissance ne va faire que se rétrécir tout au long de notre vie.

Comment enrichir son microbiote par l'alimentation ?

L'éventail du microbiote, que l'on acquiert après la naissance, ne va faire que se rétrécir tout au long de notre vie et va évoluer en fonction de différents facteurs : l'alimentation (souvent trop riche en sucres, aliments raffinés et transformés), la prise d'antibiotiques (on en trouve encore dans les volailles et poissons d'élevage), le stress ou encore l'imprégnation hormonale. "En effet, le cycle hormonal féminin entraîne de grandes variations du microbiote avec une diminution des lactobacilles et des bifidobactéries juste avant les règles, c'est la raison pour laquelle les femmes ont davantage de troubles digestifs, maux de tête et migraines en période prémenstruelle" précise notre interlocuteur. L'alimentation joue donc un rôle primordial dans la qualité de notre microbiote. Ainsi, le Dr Grégoire Cozon conseille d'éviter les sucres, la farine de blé et tous les aliments transformés au profit d'une alimentation beaucoup plus riche en végétaux, si possible crus parce qu'ils possèdent des antifongiques, excellents gardiens de notre microbiote, qui vont combattre la présence de levures dans l'intestin. Quant aux fruits, mieux vaut les consommer pas trop mûrs car le sucre favorise la prolifération des levures et bactéries dans l'intestin. Les yaourts et aliments issus de la lactofermentation (kefir, kombucha, choucroute) contiennent beaucoup de probiotiques naturels, ce qui favorise l'équilibre du microbiote.

Quels sont les probiotiques les plus efficaces ?

La prise de probiotiques peut se révéler utile pour enrichir son microbiote ou corriger une dysbiose. Pour autant, leurs effets sont variables selon les individus. "Une souche de probiotiques n'a que 5% de chances de se fixer de manière très temporaire (24 à 48h) chez une personne donnée. Il faut en prendre régulièrement pour refaire sa flore intestinale et tester plusieurs marques. Si aucune amélioration n'est constatée à la fin d'une boîte, cela signifie qu'il est nécessaire de changer. Généralement, plus il y a un nombre de souches différentes, plus il y a de chance que cela soit efficace" commente le Dr Grégoire Cozon. Il est également possible de fabriquer des probiotiques soi-même, à partir des souches qui fonctionnent sur nous. Le principe est simple :

au moment de la fabrication des yaourts, il suffit d'ouvrir une gélule de probiotiques dans le mélange lait + ferments lactiques, ce qui permettra de contenir l'équivalent de 1 à 3 gélules de probiotiques dans chaque yaourt.

► Autre manière d'y parvenir : ouvrir la gélule dans une bouteille d'eau de source (pas du robinet car la présence de chlore peut tuer les bactéries) et rajouter 3 morceaux de sucre. Après avoir laissé reposer la préparation deux jours à température ambiante pour permettre la multiplication des bactéries probiotiques, la placer au réfrigérateur et en consommer 3 verres par jour.

Microbiote déséquilibré : signes, que faire ?

Parmi les signes de dysbiose intestinale se trouvent notamment la mauvaise haleine, la langue chargée (blanche), les troubles digestifs (ballonnements, diarrhée, constipation, reflux) et la fatigue. Chez la femme, la dysbiose peut se manifester par des pertes blanches et des mycoses gynécologiques. "Les probiotiques que l'on prend par voie orale se retrouvent dans l'appareil gynécologique de la femme 24 à 48h plus tard. En cas de dysbiose vaginale, il est nécessaire de traiter aussi l'intestin pour rétablir une flore gynécologique normale", ajoute le spécialiste.

Merci au Dr Grégoire Cozon, médecin immunologue et maître de conférence en immunologie.

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