Variant Omicron : symptômes, incubation, contagion
Le variant Omicron du coronavirus est toujours majoritaire en France. Plusieurs sous-lignages circulent dont le XBB qui a remplacé le BA.5 depuis mars 2023.
Apparu en Afrique du Sud en novembre 2021, le variant Omicron du coronavirus circule de manière quasi-exclusive en France en 2022 et 2023, et plus généralement dans les autres pays du monde. Omicron a plusieurs sous-lignages dont le XBB qui est majoritaire depuis fin février 2023 selon le bulletin épidémiologique publié par Santé Publique France le 15 mars. Ce sous-lignage d'Omicron a ainsi remplacé le BA.5 qui dominait l'Hexagone depuis plusieurs mois. Omicron est le variant le plus contagieux du Covid par rapport aux précédents variants préoccupants ou VOC (Alpha, Delta...). Et on peut le contracter deux fois -même si le risque de réinfection par Omicron est encore plus élevé si on a été contaminé avant par un autre variant (Delta...). Les symptômes les plus fréquents sont la fatigue, la fièvre, les maux de tête. Définition, durée d'incubation, symptômes fréquents, contagion, efficacité des vaccins, traitement... Tout savoir sur le variant Omicron.
C'est quoi le variant Omicron ?
La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l'OMS par l'Afrique du Sud le 24 novembre 2021. Le Royaume-Uni a été avec la Norvège et le Danemark un des premiers pays du continent européen touché par le variant Omicron. L'épidémie a débuté à Londres en décembre 2021 puis est arrivée en France. Cette variante appartient à la lignée Pango B.1.1.529."C'est un variant qui a un grand nombre de mutations", expliquait le Dr Maria Van Kerkhove de l'Organisation Mondiale de la Santé le 25 novembre 2021. Parmi ces mutations spécifiques : la délétion 69/70 et les substitutions K417N, S371L-S373P et Q493R.
L'apparition progressive de sous-lignages est un phénomène attendu.
Dans un Avis de décembre 2021, le Conseil scientifique français rappelait que "la plupart des mutations sont observées sur la protéine de Spicule (30 environ), d'autres mutations sont aussi observées dans le gène de la protéine N et dans le gène NSP6, mutations pouvant avoir un impact sur le niveau de multiplication du virus". Selon Santé Publique France, les trois caractéristiques majeures d'Omicron sont sa transmissibilité élevée, son échappement immunitaire et sa moindre sévérité. Le variant Omicron inclut les cinq sous-lignages BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 et BA.5. Au sein d'Omicron, de nombreux sous-lignages ont été définis. "Cette diversification génétique est une conséquence normale de la circulation soutenue de ce variant, qui doit cependant être suivie, expliquait Santé Publique France dans l'analyse de risque des variants d'octobre 2022. Différents variants peuvent acquérir des mutations similaires et, si celles-ci confèrent un avantage de compétitivité (transmissibilité accrue, charge virale plus élevée, échappement à la réponse immunitaire), ces variants pourraient diffuser plus efficacement." Le variant Omicron a été classé comme "préoccupant" ou VOC par l'OMS le 26 novembre 2021. Il y a trois types de variants selon le classement de l'OMS : les VOC (variant préoccupant comme les variants Delta, Alpha, Beta, Gamma et Omicron), les VOI (variant à suivre) et les VUM (variant sous surveillance comme le variant XD).
Quel est le variant Omicron actuel ?
Depuis fin février-début mars 2023, le variant Omicron majoritaire en France est le variant XBB.
Qu'est-ce que le variant Omicron XBB ?
Le variant XBB est un recombinant issu des sous-lignages d'Omicron BJ.1 (sous-lignage de BA.2.10) et BM.1.1.1 (sous-lignage de BA.2.75). "En France métropolitaine, le recombinant XBB (tous sous-lignages inclus) est aujourd'hui le sous-lignage d'Omicron majoritaire avec 57% des séquences interprétables de l'enquête Flash S08 du 20/02/2023 (vs 45% pour Flash S07)" indiquait Santé Publique France dans son point épidémiologique du 15 mars 2023.
Qu'est-ce que le variant Omicron BA5 ?
Le variant du Covid BA.5 est un sous-lignage du variant Omicron identifié début avril 2022, dominant en France à la mi-juin et jusqu'àen février 2023 (8 mois), période au cours de laquelle il a été remplacé progressivement par le variant XBB, autre sous-lignage Omicron. Le BA5 avait originellement été détecté majoritairement en Afrique du Sud, et possédait la mutation L452R (qui était responsable de la transmissibilité accrue du variant Delta) ce qui explique pourquoi il a été surveillé de près par les autorités sanitaires.
Qu'est-ce que le variant Omicron BQ 1.1 ?
Le variant BQ 1.1 est un sous-lignage du BQ.1, lui-même sous-lignage du BA.5, lui-même sous-lignage du variant Omicron, lui-même variant du virus Sars-Cov-2 de la Covid-19. Il a été défini en octobre 2022.
Combien de cas du variant Omicron en France ?
Le VOC Omicron est actuellement dominant en France. "Les données de séquençage confirment la circulation exclusive du VOC Omicron (B.1.1.529, BA.) dans toutes les régions de France métropolitaine et en Outre-mer. En France métropolitaine, il représentait 100% des séquences interprétables de l'enquête Flash du 23/01/2023" précisait Santé Publique France dans l'analyse de risques des variants publiée en février 2023.
Parmi les premiers cas identifiés d'Omicron en France, un cas en Vendée, un autre dans le Haut-Rhin confirmé par l'ARS de la région Grand Est en décembre 2021, un cas en Ile-de-France, en Seine et Marne déclaré par l'Agence régionale de santé d'Ile-de-France.
La charge virale diminuerait au bout de 6 jours.
Combien de jours est-on contagieux avec Omicron ?
Selon l'étude de chercheurs japonais publiée en janvier 2022, les cas vaccinés d'Omicron seraient contagieux au maximum 10 jours après leur diagnostic ou l'apparition de leurs symptômes. La quantité d'ARN viral (que l'on peut assimiler à la "charge virale") est la plus élevée 3 à 6 jours après le diagnostic ou 3 à 6 jours après l'apparition des symptômes, puis a progressivement diminué au fil du temps. Selon des études rapportées par Santé Publique France, "Omicron est environ 3 fois plus transmissible que Delta". Son sous-lignage BA2 était "plus contagieux (+30%) (que le BA1, ndlr)" informait le Pr Arnaud Fontanet sur France Inter le 14 mars. Le BA.5 l'est encore plus. "Omicron se réplique extrêmement rapidement dans les cultures primaires de cellules épithéliales nasales, encore plus que Delta, qui s'est lui-même répliqué plus rapidement que toutes les variantes précédemment caractérisées" ont confirmé des chercheurs anglais dans une analyse publiée fin décembre. Sa transmissibilité serait augmentée car il utilise une voie d'entrée supplémentaire dans les cellules : "Omicron est capable d'entrer efficacement dans les cellules d'une manière indépendante de TMPRSS2 (voie classique, ndlr), via la voie endosomale. Nous supposons que cela permet à Omicron d'infecter un plus grand nombre de cellules dans l'épithélium respiratoire, ce qui lui permet d'être plus infectieux à des doses d'exposition plus faibles, et transmissibilité intrinsèque améliorée." ont précisé les scientifiques. Par contre il serait "moins susceptible de se répliquer dans les poumons" réduisant le risque de maladie grave.
Quelle est la durée d'incubation d'Omicron ?
La durée d'incubation du variant Omicron est plus courte que celle des variants précédents du Covid original : "On est devant un variant (Omicron, ndlr) qui a une durée (d'incubation, ndlr), avant l'apparition des symptômes, qui est passée de 5 à 3 jours" a déclaré le Pr Yazdan Yazdanpanah du Conseil scientifique sur BFM-TV le 2 janvier.
Quels sont les symptômes du variant Omicron ?
Le rapport des symptômes observés chez les personnes atteintes par Omicron émane des données de Santé Publique France et d'une étude anglaise publiée par The Lancet en avril 2022, menée sur plus de 60 000 volontaires. La présentation clinique des infections par Omicron a différé de celle des variants circulant précédemment avec moins de formes sévères. Omicron provoque moins de détresse respiratoire que Delta car il touche moins les poumons. Une étude suédoise a par ailleurs mis en avant des cas d'odynophagie aiguë chez les personnes contaminées par Omicron (douleur ressentie lors de la déglutition et mal de gorge).
| Symptômes les plus fréquents (Santé Publique France) | Symptômes les plus fréquents (The Lancet) |
|---|---|
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Quelle est la durée des symptômes ?
Selon les cas analysés par Santé Publique France, la durée des symptômes est en moyenne de 4 jours chez les personnes contaminées par Omicron, 3 jours chez les vaccinées avec dose de rappel. Cette durée est un peu plus longue pour les personnes contaminées par les lignages BA4 et BA5 : 7 jours en moyenne, selon les chiffres de Santé Publique France.
Quels sont les risques de réinfection avec Omicron ?
.Le variant Omicron est caractérisé par une transmissibilité accrue et un échappement immunitaire "important". "L'échappement à la réponse immunitaire d'Omicron est aussi associé à des taux de réinfection par Omicron (suite à une infection préalable par un autre variant) plus élevés que pour les variants circulant précédemment" a indiqué Santé Publique France. D'après des données portugaises, une précédente infection par BA.1 ou BA.2 confèrerait en revanche une protection importante contre l'infection avec BA4 et BA5 mais qui diminue avec le temps.
Pourquoi ce variant s'appelle Omicron ?
Comme Alpha, Beta, Delta, Gamma... Omicron est le nom d'une lettre de l'alphabet grec (la 15e), le système de nomenclature "plus accessible à un public non scientifique" et "non stigmatisant" mis en place pour baptiser les lignées génétiques du Sars-CoV-2, explique l'OMS. L'alphabet grec compte 24 lettres. Les 13e et 14e lettre n'ont pas été attribuées à un variant, l'OMS n'ayant pas encore indiqué pour quelle raison.
| Numéro des lettres | Nom des lettres dans l'alphabet grec (en gras les noms utilisés pour les variants du Covid) |
|---|---|
| 1 | Alpha |
| 2 | Bêta |
| 3 | Gamma |
| 4 | Delta |
| 5 | Epsilon |
| 6 | Zêta |
| 7 | Eta |
| 8 | Thêta |
| 9 | Iota |
| 10 | Kappa |
| 11 | Lambda |
| 12 | Mu |
| 13 | Nu |
| 14 | KSI/Xi |
| 15 | Omicron |
Quelle est l'efficacité des vaccins ?
La vaccination protège surtout du risque de forme grave du Covid. Moins de l'infection. Surtout avec le variant Omicron et son sous-lignage BA5 qui est plus contagieux et échappe davantage à l'immunité que ce soit après avoir eu le Covid ou après la vaccination. La durée de protection contre BA4 et BA5 serait de 5,5 mois après la troisième dose de vaccin contre 11,5 mois pour la souche indexe du Covid (Wuhan). Des vaccins bivalents du Covid ciblant le variant Omicron et la souche originale de Wuhan ont été autorisés en France à l'automne 2022, uniquement pour les doses de rappel des personnes les plus à risque de formes graves.
| Après la 1ère dose de vaccin ARN | Après la 2e dose | Après la 3e dose | ||
|---|---|---|---|---|
| Taux de protection contre les formes graves Omicron (hospitalisation) | 1 mois après la vaccination | 50% | 64% | 81% |
| 3 mois après la vaccination | 72% | |||
| Taux de protection contre l'infection symptomatique Omicron | 1 mois après la vaccination | 70% | ||
| 3 mois après la vaccination | 50% |
Quelle est l'origine du variant Omicron ?
La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l'OMS par l'Afrique du Sud le 24 novembre 2021. La première infection confirmée connue à Omicron en Afrique du Sud provenait d'un échantillon prélevé le 9 novembre 2021. Le variant Omicron a également été détecté au Botswana dans des échantillons collectés le 11 novembre 2021.
Test : comment savoir si on est contaminé par Omicron ?
"L'efficacité des tests de diagnostic (PCR ou antigéniques) ne semble pas être réduite pour Omicron" a confirmé Santé Publique France en juin 2022. La stratégie de criblage a évolué en France pour se focaliser sur la recherche des mutations propres à chaque variant. A date, les indicateurs suivis sont la présence de la mutation E484K (A1), la présence de mutations en position L452 (C1) et la présence d'une mutation associée à Omicron (del69-70 et/ou K417N et/ou S371L-S373P et/ou Q493R, D1).
Est-il moins dangereux ?
Le variant Omicron a une sévérité moindre que les variants Covid précédents à cause en partie à une efficacité vaccinale conservée contre les formes sévères. "Aucun signal préoccupant n'a été associé à BA.4 et BA.5" indique Santé Publique France dans l'analyse de risque des variants publiée le 5 octobre. Une étude récente au Royaume-Uni a montré que le risque d'hospitalisation suite à une infection par BA.4 ou BA.5 était similaire à celui d'une infection par BA.2. Toujours au Royaume-Uni, une autre étude n'a pas trouvé de différence d'efficacité vaccinale contre l'hospitalisation entre BA.2 et BA.5. En Afrique du Sud, une étude comparant les taux de létalité lors des différentes vagues a montré un taux de létalité de 7,1% sur la période de circulation de BA.4/BA.5, contre 10,9% lors de la circulation de BA.1/BA.2. La diffusion du variant Omicron a été associée à une diminution importante du taux d'hospitalisation par rapport aux autres variants ce qui a permis de limiter son impact en santé publique.Cette moindre dangerosité viendrait du fait que le variant Omicron s'attaque moins au système pulmonaire. Omicron "donne des formes cliniques moins sévères car il se multiplie plus dans voies aériennes supérieures et moins dans les voies inférieures, donnant moins de pneumopathies (que Delta, ndlr)" a confirmé le Pr Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique, sur BFM-TV lundi 10 janvier.
Sources :
Bulletin épidémiologique, Santé Publique France
Symptom prevalence, duration, and risk of hospital admission in individuals infected with SARS-CoV-2 during periods of omicron and delta variant dominance: a prospective observational study from the ZOE COVID Study. 7 avril 2022.
Analyse des données disponibles sur les réinfections possibles par le SARS-CoV-2 à partir de la base de données SIDEP 31 mars 2022. Données au 20 mars 2022. Santé Publique France.
Covid-19 : Premières estimations de la place des variants Delta et Omicron chez les patients hospitalisés à l'AP-HP du 1er décembre 2021 au 4 janvier 2022. 10 janvier 2022. AP-HP.
The SARS-CoV-2 variant, Omicron, shows rapid replication in human primary nasal epithelial cultures and efficiently uses the endosomal route of entry. Thomas P. Peacock1. Department of Infectious Disease, Imperial College London, UK, W2 1PG
Avis du Conseil scientifique COVID-19 16 décembre 2021. 17 décembre 2021.
Point sur le variant du SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529). Santé Publique France. 26 novembre 2021
Les autorités sanitaires françaises surveillent les cas possibles de personnes atteintes du variant Omicron sur le territoire français. Ministère de la Santé. 28 novembre 2021
Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States World Health Organization HQ 28 Novembre 2021
Un nouveau variant détecté dans plusieurs pays d'Afrique australe. Gouvernement.fr. 26 novembre 2021.
Frequently asked questions about the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa. National Institute for communicable diseases. 25 novembre 2021.
Focused COVID-19 Media Monitoring Nepal. OMS. 26 novembre 2021.